O surgimento de mais variantes infecciosas da COVID-19 está ameaçando retardar a recuperação global e potencialmente frustrar a imunidade da vacina atual. Para ajudar governos e comunidades médicas a identificarem e agirem com mais rapidez sobre essas variantes, a Universidade de Oxford e a Oracle criaram um Sistema de Análise Global de Patógenos (GPAS em inglês) combinando a plataforma escalável de patógenos ( SP3 ) de Oxford com o poder do Oracle Cloud Infrastructure (OCI) . Esta iniciativa se baseia no trabalho de um consórcio financiado pelo Wellcome Trust, incluindo a Public Health Wales, a Universidade de Cardiff e a Public Health England.

"Esta nova ferramenta poderosa permitirá que cientistas de saúde pública em estabelecimentos de pesquisa, agências de saúde pública, serviços de saúde e empresas de diagnóstico em todo o mundo ajudem a compreender melhor as doenças infecciosas, começando com o coronavírus", disse Derrick Crook, professor de Microbiologia no Departamento de Medicina Nuffield da Universidade de Oxford.

"O Global Pathogen Analysis System ajudará a estabelecer um padrão comum global para reunir e analisar este novo vírus, bem como outras ameaças microbianas que podem afetar a saúde pública. Isso adiciona uma nova dimensão à nossa capacidade de processar dados de patógenos. Estamos entusiasmados com a parceria com a Oracle para continuar nossas pesquisas usando esta plataforma de tecnologia de ponta", acrescentou Crook.

Usado pela primeira vez para a tuberculose, o SP3 foi reaproveitado para unificar, padronizar, analisar e comparar os dados de sequência do SARS-CoV-2, produzindo sequências genômicas anotadas e identificando novas variantes e as de interesse. A capacidade de processamento do SP3 foi aprimorada com um amplo trabalho de desenvolvimento da Oracle , permitindo alto desempenho e segurança, além da disponibilidade mundial de 7 por 24 do sistema SP3 no Oracle Cloud. O sistema SP3 agora fornecerá resultados abrangentes e padronizados das análises da COVID-19 minutos após o envio em escala internacional. Os resultados serão compartilhados com países ao redor do globo em um ambiente seguro.

"A oportunidade de aplicar o exame sistemático de variantes genéticas em uma variedade de patógenos terá grandes benefícios para a saúde pública global. Este programa, com a Oracle como parceiro, nos leva um passo mais perto desse objetivo", disse Sir John Bell, professor Regius de Medicina da Universidade de Oxford.

Juntamente com os extensos recursos de aprendizado de máquina no Oracle Cloud, cientistas, pesquisadores e governos em colaboração em todo o mundo podem processar, analisar, visualizar e agir pela primeira vez em uma ampla coleção de dados de patógenos da COVID-19. Isso inclui a identificação de variantes de interesse e seu impacto potencial na eficácia da vacina e do tratamento. Por exemplo, os painéis de análise no sistema mostrarão quais cepas específicas estão se espalhando mais rapidamente do que outras e se as características genéticas contribuem para aumentar a transmissibilidade e o escape da vacina. Oxford já processou metade das sequências de SARS-CoV-2 do mundo, mais de 500 mil no total.

"Há uma necessidade crítica de cooperação global em sequenciamento genômico e exame de COVID-19 e outros patógenos", disse o presidente e CTO da Oracle, Larry Ellison. "O sistema SP3 aprimorado estabelecerá um padrão global para coleta e análise de dados de patógenos, permitindo que os pesquisadores médicos entendam melhor a COVID-19 e outras ameaças microbianas à saúde pública".

A próxima etapa será estender este serviço a todos os patógenos enquanto, simultaneamente, colaborar com cientistas de estabelecimentos de pesquisa, agências de saúde pública e empresas privadas para garantir que este trabalho possa informar a tomada de decisão sobre estratégias de resposta à pandemia em todo o mundo.

A plataforma será gratuita para pesquisadores e organizações sem fins lucrativos usarem em todo o mundo.

O que a comunidade de saúde está dizendo:

"A plataforma SP3 surgiu de atividades de engajamento, design e teste que ocorreram nos últimos anos por meio de uma estreita colaboração entre pesquisadores da Universidade deCardiff e da Universidade de Oxford, Public Health England e do European Bioinformatics Institute, juntamente com outras partes interessadas da saúde pública no Reino Unido. Este novo Sistema de Análise Global de Patógenos permitirá que cientistas colaboradores analisem um conjunto de dados mundiais de novas maneiras, fornecendo melhor inteligência sobre variantes de vírus preocupantes e seu potencial de disseminação", disse o professor Thomas R Connor, da Escola de Biociências da Universidade de Cardiff.

Dra. Isabel Oliver, diretora do Serviço Nacional de Infecção da Public Health England observou: "Esta doação é um incentivo bem-vindo à capacidade de compartilhar dados de sequenciamento genômico com colegas em todo o mundo. Não só o exame genômico forte e os dados amplamente disponíveis são cruciais para nossos esforços coletivos para combater a pandemia atual, mas também terão benefícios contínuos para a resposta a outros patógenos no futuro. Isso poderia ter um impacto positivo de longo alcance na saúde pública internacional e na segurança da saúde global. À medida que novas variantes do SARS-CoV-2 surgem em todo o mundo, é necessário um esforço global cooperativo para responder com eficácia. Parcerias como esta são absolutamente vitais para garantir que possamos mitigar o impacto da COVID-19 na população mundial e que possamos continuar a fortalecer nossa capacidade de enfrentar ameaças emergentes nos próximos anos".